Date: 12-20-2015

Case Style: NATURAL RESOURCES DEFENSE COUNCIL, NORTHWEST ENVIRONMENTAL ADVOCATES, CENTER FOR  BIOLOGICAL DIVERSITY v. UNITED STATES ENVIRONMENTAL PROTECTION AGENCY

Case Number: 13‐1745(L), 13‐2393(CON), 13‐2757(CON) 

Judge: Susan L. Carney

Court: UNITED STATES COURT OF APPEALS  FOR THE SECOND CIRCUIT

Plaintiff's Attorney: Rebecca J. Riley, Neil S. Kagan, MARTIN FRANCIS MCDERMOTT, Sam Hirsch

Defendant's Attorney: ALLISON M. LAPLANTE, Deborah  A. Sivas, Matthew J. Sanders

Description: This case arises from the efforts of the Environmental Protection 
Agency (ʺEPAʺ) pursuant to section 402(a) of the Clean Water Act (the ʺCWAʺ), 
33 U.S.C. § 1342(a), to regulate the discharge of ballast water from ships. 1  A ship 
takes on and discharges ballast water to compensate for changes in its weight 
caused by activities such as loading and unloading cargo or consuming fuel or 
supplies.  The amount of water can range from hundreds of gallons to as much 
as 25 million gallons ‐‐ enough to fill thirty‐eight Olympic‐sized swimming 
pools.  More than 21 billion gallons of ballast water are released in the United 
States annually.  See Nw. Envtl. Advocates v. EPA, 537 F.3d 1006, 1013 (9th Cir. 
2008).   
When a ship takes on ballast water, it can inadvertently pick up 
organisms and their eggs and larvae, as well as sediment and pollutants.  When 
the ship discharges ballast water, often in a new place, these organisms and 
pollutants are ejected into the surrounding waterbody, enabling these organisms 
to establish new, non‐native populations.  As a result, ships have become one of 
                                               1  Glossary of Acronyms:  As this opinion discusses the CWA and its  intricacies, it contains a large number of acronyms.  In addition to their definitions in  the text, a separate glossary of acronyms is therefore set forth in the Appendix to this  opinion.    
 
‐5‐ 
the primary ways that invasive species are spread from one waterbody to 
another.  Id. at 1012‐13 (ʺAll told, more than 10,000 marine species each day hitch 
rides around the globe in the ballast water of cargo ships.ʺ (quoting Nw. Envtl. 
Advocates v. EPA, No. C 03‐05760 SI, 2006 WL 2669042, at *3 (N.D. Cal. Sept. 18, 
2006)).  
Invasive species cause severe economic and ecological harm, 
including by destroying native fish species and shellfish industries, creating 
algae blooms, and devastating tourism.  Zebra mussels are a particularly 
destructive example.  They were first introduced to Lake Erie in the 1980s by a 
freighter from Europe that discharged ballast water containing mussels.2  These 
mussels have wreaked havoc in the Midwest and Northeast by blocking water 
intake and outtake at power plants and other industrial facilities, causing nearly 
$70 million in damage between 1989 and 1995.   Nw. Envtl. Advocates, 537 F.3d at 
1013.  One study estimates the damage caused by invasive species collectively at 
ʺabout $137 billion a year ‐‐ more than double the annual economic damage 
                                               2 ʺFrom that humble start, the invaders colonized the Great Lakes and  spread across the country on towed boats.ʺ  Jim Robbins, A Western Showdown, N.Y.  TIMES, Sept. 8, 2015, at D6.
 
‐6‐ 
caused by all natural disasters in the United States.ʺ  Id. (quoting Nw. Envtl. 
Advocates, 2006 WL 2669042, at *4).3   
Ballast water discharge is particularly problematic in the Great 
Lakes.  Vessels that sail exclusively in the Great Lakes, known as ʺLakers,ʺ 
account for over ninety‐five percent of ballast water volumes transferred in the 
Great Lakes.  Unfortunately, Lakers are more likely than oceangoing vessels to 
spread invasive species because the short duration of their voyages allows 
organisms to survive in their ballast.   
In April 2013, EPA issued a Vessel General Permit (the ʺ2013 VGPʺ), 
pursuant to section 402 of the CWA, 33 U.S.C. § 1342, to regulate the discharge of 
ballast water from ships.  In response, four environmental groups filed three 
Petitions for Review (ʺPFRsʺ) alleging that EPA acted arbitrarily and capriciously 
in issuing the 2013 VGP: petitioner Natural Resources Defense Council (ʺNRDCʺ) 
filed a PFR on May 3, 2013 in this Court; petitioners Northwest Environmental 
Advocates (ʺNWEAʺ) and the Center for Biological Diversity jointly filed a PFR 
on May 3, 2013 in the United States Court of Appeals for the Ninth Circuit; and 
petitioner National Wildlife Federation (ʺNWFʺ) filed a PFR on July 3, 2013 in the 
                                               3 See also Robbins, A Western Showdown, at D6 (discussing damage caused  by zebra and quagga mussels).
 
‐7‐ 
United States Court of Appeals for the D.C. Circuit.4  In an order dated May 24, 
2013, the Judicial Panel on Multidistrict Litigation issued a Consolidation Order 
and assigned final venue for the first two petitions, and any subsequently filed 
petition, to this Court.  
On May 31, 2013, the Lake Carriersʹ Association and the Canadian 
Shipowners Association (the ʺCSAʺ) filed a motion to intervene, which was 
granted on October 7, 2013.  On January 1, 2014, the CSA filed a PFR in this case.  
EPA and the CSA jointly moved to sever the CSA PFR from this case and hold it 
in abeyance; the motion was granted on May 23, 2014.   
We find that EPA acted arbitrarily and capriciously in issuing parts 
of the 2013 VGP, and therefore remand this matter to the EPA for further 
proceedings.   
BACKGROUND 
A. The CWA 
Congress created the CWA to limit pollution in the waters of the 
United States.  See 33 U.S.C. § 1251(a) (objective of CWA is to ʺrestore and 
                                               4   All three petitions were timely filed within 120 days of the issuance of the  VGP, as required under 33 U.S.C. § 1369(b)(1).  Accordingly, this Court has jurisdiction  over the petitions pursuant to section 509(b)(1)(F) of the CWA, 33 U.S.C. § 1369(b)(1)(F). 
 
‐8‐ 
maintain the chemical, physical, and biological integrity of the Nationʹs watersʺ); 
S. Fla. Water Mgmt. Dist. v. Miccosukee Tribe of Indians, 541 U.S. 95, 102 (2004) 
(same); Waterkeeper All., Inc. v. EPA, 399 F.3d 486, 490‐91 (2d Cir. 2005) (same).  
The CWA thus prohibits the ʺdischarge of any pollutantʺ from a ʺpoint sourceʺ to 
the ʺnavigable watersʺ of the United States, except as permitted by the CWA.  33 
U.S.C. §§ 1311(a), 1362 (emphasis added).  The ʺdischarge of a pollutantʺ includes 
ʺany addition of any pollutant to navigable waters from any point source.ʺ  Id. 
§ 1362(12)(A).  A ʺpollutantʺ includes solid, industrial, agricultural, and 
biological waste.  Id. § 1362(6).  A ʺpoint sourceʺ is ʺany discernible, confined and 
discrete conveyance, including but not limited to any . . . vessel or other floating 
craft, from which pollutants are or may be discharged.ʺ  Id. § 1362(14).  
ʺNavigable watersʺ is defined as ʺthe waters of the United States, including the 
territorial seas.ʺ  Id. § 1362(7).  The discharge of polluted water from a vessel 
ballast tank is a point source discharge covered by the CWA.  See Nw. Envtl. 
Advocates, 537 F.3d at 1021. 
A key component of the statute is the establishment of water quality 
standards.  Water quality standards are set by states for waters within their 
boundaries and are then reviewed for approval by EPA.  See 33 U.S.C. § 1313; 40 
 
‐9‐ 
C.F.R. §§ 131.4, 131.10‐.11; see also NRDC v. EPA, 279 F.3d 1180, 1183 (9th Cir. 
2002) (ʺUnder the CWA, each state sets its own water quality standards, subject 
to review and approval by the EPA.ʺ).  EPA must ensure that the standard 
proposed by the state will comply with the requirements of the CWA before 
approving it.  See 33 U.S.C. §§ 1311(b)(1)(C), 1313(a) 1342(a)(1); 40 C.F.R. § 
122.4(d). 
1. National Pollutant Discharge Elimination System Permits 
An entity seeking to discharge a pollutant is required to obtain and 
comply with a permit that limits the amounts and kinds of pollutants being 
discharged.  See NRDC v. EPA, 822 F.2d 104, 108 (D.C. Cir. 1987); see also 
Waterkeeper All., 399 F.3d at 498 (discharge allowed ʺwhere . . . permits ensure that 
every discharge of pollutants will comply with all applicable effluent limitations 
and standardsʺ).  This permit, known as a National Pollutant Discharge 
Elimination System (ʺNPDESʺ) permit, establishes enforceable effluent 
limitations, as well as monitoring and reporting requirements.   
NPDES permits, which are issued either by EPA or a state in a 
federally approved permitting system, see 33 U.S.C. § 1342, may be individual 
(issued to a specific entity to discharge pollutants at a specific place) or general 
 
‐10‐ 
(issued to an entire class of dischargers in a geographic location), see 40 C.F.R. 
§§ 122.21, 122.28(a)(2), 124.1‐.21, 124.51‐.66.  The permit here is a general permit.   
Permits can impose two different types of standards on discharges: 
(1) technology‐based standards and (2) water quality‐based standards.  See 33 
U.S.C. §§ 1311(b)(1)(c) and (b)(2)(a), 1313, 1342(a).  The 2013 VGP imposes both. 
a. Technology‐Based Effluent Limits 
Technology‐based effluent limits (ʺTBELsʺ) set effluent limitations 
on a point source based on how effectively technology can reduce the pollutant 
being discharged.  See 33 U.S.C. §§ 1311(b), (e), 1314(b); see also PUD No. 1 of 
Jefferson Cty. v. Wash. Depʹt of Ecology, 511 U.S. 700, 704 (1994) (holding that, to 
achieve goals of CWA, EPA is required to ʺestablish and enforce technology
based limitations on individual discharges into the countryʹs navigable waters 
from point sourcesʺ).  Congress designed this standard to be technology‐forcing, 
meaning it should force agencies and permit applicants to adopt technologies 
that achieve the greatest reductions in pollution.  See NRDC, 822 F.2d at 124 
(holding that CWA seeks ʺnot only to stimulate but to press development of new, 
 
‐11‐ 
more efficient and effective technologies,ʺ which is ʺessential purpose of this 
series of progressively more demanding technology‐based standardsʺ).5  
In determining the standard for TBELs, EPA considers the source of 
the pollution (existing or new) and the type of pollutant.  For nonconventional 
pollutants from existing sources, EPA is required to set effluent limits based on 
the ʺbest available technology economically achievableʺ or ʺBAT.ʺ  33 U.S.C. 
§ 1311(b)(2)(A).6  BAT requires the ʺapplication of the best available technology 
economically achievable for such category or class, which will result in 
reasonable further progress toward the national goal of eliminating the discharge 
of all pollutants.ʺ  Id.; see NRDC, 822 F.2d at 123 (CWA designed to progress 
ʺtoward implementation of pollution controls to the full extent of the best 
technology which would become availableʺ).  Because invasive species are a 
                                               5   EPA issues national effluent limitation guidelines (ʺELGsʺ), which  establish limitations for all types of dischargers within a particular industry and for  certain types of discharges.  See 40 C.F.R. § 125.3(c)(1).  ELGs are enforceable through  their incorporation into a NPDES permit.  In this case, no states have established  numeric water quality criteria for living organisms or aquatic nuisance species.     6   For conventional pollutants from existing sources, the level of pollution  control is based on best conventional pollutant control technology.  Id. § 1311(b)(2)(E).   New sources of pollution must meet new source performance standards, which are  based on best available demonstrated control technology.  Id. § 1316(a)(1).  Neither  standard is implicated here. 
 
‐12‐ 
nonconventional pollutant from an existing source, ballast water discharges are 
subject to BAT.   
EPA considers a number of factors in assessing whether a 
technology is BAT, including: 
 the cost of achieving the effluent reductions,   the age of equipment and facilities involved,   the process employed,   the engineering aspects of various control techniques,   potential process changes,   non‐water‐quality environmental impacts including energy  requirements, and   other factors as EPA ʺdeems appropriate.ʺ  See 33 U.S.C. § 1314(b)(2)(B).  
EPA can mandate that BAT requires the use of a technology that is 
not currently available within a particular industry when (1) the technology is 
available in another industry, (2) EPA finds that the technology is transferrable 
from that other industry, and (3) EPA can reasonably predict that such 
technology will adequately treat the effluent.  See Kennecott v. EPA, 780 F.2d 445, 
453 (4th Cir. 1986) (citing Tannersʹ Council of Am., Inc. v. Train, 540 F.2d 1188, 1192 
(4th Cir. 1976)).   
 
‐13‐ 
b. Water Quality‐Based Effluent Limits 
If the TBELs are insufficient to attain or maintain water quality 
standards, the CWA requires NPDES permits to include additional water 
quality‐based effluent limits (ʺWQBELsʺ).  See 33 U.S.C. §§ 1311(b)(1)(C), 1312(a); 
NRDC, 822 F.2d at 110 (ʺWhenever a technology‐based effluent limitation is 
insufficient to make a particular body of water fit for the uses for which it is 
needed, the EPA is to devise a water‐quality based limitation that will be 
sufficient to the task.ʺ).  WQBELs are designed to ensure that the discharges 
authorized by the permit do not violate water quality standards. See 33 U.S.C. 
§§ 1313, 1342(a)(2). 
The WQBELs, which supplement the TBELs, are based on the 
amount and kind of pollutants in the water.  See id. § 1312(a).  WQBELs are set 
without regard to cost or technology availability.  See NRDC v. EPA, 859 F.2d 156, 
208 (D.C. Cir. 1988) (ʺA technology‐based standard discards its fundamental 
premise when it ignores the limits inherent in the technology.  By contrast, a 
water quality‐based permit limit begins with the premise that a certain level of 
water quality will be maintained, come what may, and places upon the permittee 
the responsibility for realizing that goal.ʺ (footnote omitted)).  WQBELs may be 
 
‐14‐ 
narrative where the calculation of numeric limits is ʺinfeasible.ʺ  See 40 C.F.R. 
§ 122.44(k)(3).   
No permit may be issued when ʺthe imposition of conditions cannot 
ensure compliance with the applicable water quality requirements of all affected 
States.ʺ  Id. § 122.4(d).  Thus, permits must establish limits on discharges that will 
lead to compliance with water quality standards.  See Trs. for Alaska v. EPA, 749 
F.2d 549, 556‐57 (9th Cir. 1984) (holding that permit must translate state water 
quality standards into end‐of‐pipe effluent limitations necessary to achieve those 
standards).   
Because no states have established numeric water quality criteria for 
invasive species, EPA is required to establish WQBELs that ensure compliance 
with narrative criteria, designated uses, and antidegradation policies that 
comprise state water quality standards.  The permit may then mandate ʺbest 
management practicesʺ (ʺBMPsʺ) to control pollution.  See 40 
C.F.R. § 122.44(k)(3).   
c. Monitoring and Reporting Requirements 
NPDES permits also require both monitoring and reporting of 
monitoring results of TBELs and WQBELs to assure compliance with permit 
 
‐15‐ 
limitations and facilitate enforcement.  See 33 U.S.C. §§ 1314, 1318, 1342(a)(2); 40 
C.F.R. § 122.44(i)(1)‐(2).  
B.  Regulatory History 
When the CWA was first being implemented in the 1970s, EPA 
regulations exempted discharges that were ʺincidentalʺ to the ʺnormal operationʺ 
of vessels from NPDES permitting requirements.  See National Pollutant Discharge 
Elimination System, 38 Fed. Reg. 13,528, 13,530 (May 22, 1973) (codified at 40 
C.F.R. § 125.4); see also National Pollutant Discharge Elimination System; Revision of 
Regulations, 44 Fed. Reg. 32,854, 32,902 (June 7, 1979) (codified at 40 C.F.R. 
§ 122.3(a)).  This exemption included ballast water discharges. 
In 1999, the NWEA and other environmental organizations 
submitted a rulemaking petition to EPA seeking to repeal this exemption, then 
codified at 40 C.F.R. § 122.3(a).  See Final National Pollutant Discharge Elimination 
System (NPDES) General Permit for Discharges Incidental to the Normal Operation of a 
Vessel, 73 Fed. Reg. 79,473, 79,475 (Dec. 29, 2008).  EPA denied the petition.  See 
Nw. Envtl. Advocates, 537 F.3d at 1013.  The environmental groups challenged the 
denial in the United States District Court for the Northern District of California, 
while simultaneously filing a PFR in the United States Court of Appeals for the 
 
‐16‐ 
Ninth Circuit, in case the district court lacked jurisdiction.  The district court 
issued an order vacating the exemption, see Nw. Envtl. Advocates, 2006 WL 
2669042, at *15, and the Ninth Circuit upheld the decision.  See Nw. Envtl. 
Advocates, 537 F.3d at 1027.   EPA finally repealed the exemption and issued a 
Vessel General Permit in 2008 (the ʺ2008 VGPʺ).  Draft National Pollutant Discharge 
Elimination System (NPDES) General Permits for Discharges Incidental to the Normal 
Operation of a Vessel, 73 Fed. Reg. 34,296 (June 17, 2008).   
1. The 2008 VGP 
Environmental groups, industry groups, and the State of Michigan 
challenged the 2008 VGP in a PFR filed in the United States Court of Appeals for 
the D.C. Circuit, arguing primarily that the 2008 VGP was inadequate because it 
contained only narrative provisions, not specific numeric limitations on 
discharges.  In March 2011, EPA settled this matter, agreeing to: (1) set ʺnumeric 
concentration‐based effluent limits for discharges of ballast water expressed as 
organisms per unit of ballast water volumeʺ; (2) set numeric effluent limits that 
ʺrepresent the applicable levels of technology‐based controlʺ; and (3) ʺinclude 
more stringent water quality‐based effluent limitationsʺ if needed to satisfy 
 
‐17‐ 
applicable water quality standards.  Settlement Agreement ¶¶ 9‐13, NRDC v. 
EPA, No. 09‐1089 (D.C. Cir. Mar. 8, 2011), ECF No. 1296922. 
2. The Creation of New Standards 
To create these new, more specific standards, EPA enlisted the help 
of its own Science Advisory Board (the ʺSABʺ) and the National Research 
Council/National Academy of Sciences Committee on Assessing Numeric Limits 
for Living Organisms in Ballast Water (the ʺNAS Committeeʺ).  EPA posed a 
different question to each scientific body. 
a. The SAB 
In 2010, EPA asked the SAB to ʺprovide advice on technologies and 
systems to minimize the impacts of invasive species in vessel ballast water 
discharge.ʺ  App. at 599.  Specifically, the SAB looked at four issues: (1) the 
performance of shipboard systems with available effluent testing data; (2) the 
potential performance of shipboard systems without reliable testing data; (3) 
system development for the shipboard systems identified in issues 1 and 2; and 
(4) the development of reliable information about the status of ballast water 
treatment technologies and system performance.  In considering these questions, 
the SAB was to take into account The International Convention for the Control and 
 
‐18‐ 
Management of Shipsʹ Ballast Water and Sediments (the ʺIMO Standardʺ), adopted 
by the International Maritime Organization in 2004, which set certain 
concentration‐based ballast water effluent limits.  Id. at 610.7   
In July 2011, the SAB issued its report Efficacy of Ballast Water 
Treatment Systems: A Report by the EPA Science Advisory Board (the ʺSAB Reportʺ).  
The SAB identified fifty‐one ballast‐water treatment systems, with five categories 
of shipboard systems that could reliably achieve the IMO Standard.  Id. at 601. 8  
The SAB found that none of the systems could meet standards 100 or 1,000 times 
greater than the IMO Standard.  Id. at 602.  The SAB also found that none of the 
fifty‐one shipboard treatments identified could reliably achieve a ʺno living 
organismʺ standard.  Id.    
 
 
                                               7   The Coast Guard proposed the same standard in a rulemaking in 2011  pursuant to its authority under the National Invasive Species Act.  See Standards for  Living Organisms in Shipsʹ Ballast Water Discharged in U.S. Waters, 74 Fed. Reg. 44,632  (Aug. 28, 2009).  In 2012, the Coast Guard finalized the rule, entitled Standards for Living  Organisms in Ships’ Ballast Water Discharged in U.S. Waters.  77 Fed. Reg. 17,254 (Mar. 23,  2012).    8   The five categories were: (1) deoxygenation + cavitation; (2) filtration +  chlorine dioxide; (3) filtration + UV; (4) filtration + UV + TiO2; and (5) filtration +  electro‐chlorination.   
 
‐19‐ 
b. The NAS Committee 
EPA created the NAS Committee to examine ʺthe relationship 
between the concentration of living organisms in ballast water discharges and 
the probability of nonindigenous organisms successfully establishing 
populations in U.S. waters.ʺ  Id. at 235.  
In its June 2011 report, Assessing the Relationship Between Propagule 
Pressure and Invasion Risk in Ballast Water (the ʺNAS Reportʺ), the NAS 
Committee concluded (1) there was ʺno significant relationship between ballast 
volume and invasions,ʺ and (2) ʺ[t]he current state of science does not allow a 
quantitative evaluation of the relative merits of various discharge standards in 
terms of invasion probability.ʺ  Id. at 363.  Essentially, the Committee said that it 
was unable to establish a reliable numeric limit on discharges that would 
guarantee protection against invasive species, other than zero.  
3. The 2013 VGP 
On March 28, 2013, EPA issued the 2013 VGP, the permit now before 
us, allowing vessels to discharge ballast water subject to certain limitations on 
the living organisms in the discharge.  Final National Pollutant Discharge 
Elimination System (NPDES) General Permit for Discharges Incidental to the Normal 
 
‐20‐ 
Operation of a Vessel, 78 Fed. Reg. 21,938 (Apr. 12, 2013).9  This constituted final 
action on the permit pursuant to section 402(a) of the CWA, 33 U.S.C. § 1342(a).  
The 2013 VGP included TBELs, WQBELs, and monitoring and reporting 
requirements.  
a. TBELs 
As discussed above, TBELs impose effluent limitations on a point 
source based on how much technology is able to reduce the amount of a 
pollutant at issue.  See 33 U.S.C. §§ 1311(b), (e), 1314(b).  In this instance, EPA 
chose to set the TBELs at the IMO Standard, which requires: 
(1) Limiting discharges of organisms 50 micrometers or larger to  a concentration of fewer than 10 living organisms per cubic  meter of ballast water;   (2) Limiting discharges of organisms less than 50 micrometers  and greater than or equal to 10 micrometers to concentrations  of fewer than 10 living organisms per milliliter (ʺmLʺ)of  ballast water; and   (3) Limiting discharges of three types of pathogen and pathogen  indicators: (1) Vibrio cholerae: fewer than 1 colony forming unit  (ʺcfuʺ) per 100 mL; (2) Escherichia coli (ʺE. coliʺ): fewer than 250  cfu  per 100 mL; and (3) intestinal enterococci: fewer than 100  cfu per 100 mL. 
                                               9   EPA issued the draft NPDES VGP on November 30, 2011 with a 75‐day  notice‐and‐comment period.  The public comment period ended on February 21, 2012.   The 2013 VGP replaced the 2008 VGP, which expired on December 19, 2013.  
 
‐21‐ 
Vessel General Permit for Discharges Incidental to the Normal Operation of Vessels 
(VGP): Authorization to Discharge Under the National Pollutant Discharge Elimination 
System § 2.2.3.5, at 29 (Mar. 28, 2013), available at http://water.epa.gov/polwaste/ 
npdes/vessels/upload/vgp_permit2013.pdf.  The VGP did not set standards for 
other ʺsmallʺ organisms, such as bacteria or viruses.     
b. WQBELs 
The WQBELs in the 2013 VGP require: (1) oceangoing vessels 
entering the Great Lakes to continue to perform ballast water exchanges, and (2) 
all vessels to control discharges ʺas necessary to meet applicable water quality 
standards in the receiving water body or another water body impacted by [the] 
discharges.ʺ  VGP § 2.2.3.7, at 43, § 2.3.1, at 59.   
c. Monitoring and Reporting Requirements for TBELs and WQBELs 
As noted above, NPDES permits must contain conditions that 
require both monitoring and reporting of monitoring results of TBELs and 
WQBELs to ensure compliance with water quality standards.  See 33 U.S.C. 
§ 1342(a)(2); 40 C.F.R. § 122.44(i)(1)‐(2).   
i) Monitoring and Reporting Requirements for TBELs   In the 2013 VGP, EPA established the following monitoring 
requirements for TBELs: 
 
‐22‐ 
(1) that vessels monitor the functionality of their ballast water  treatment systems, if installed; and  (2) that vessels monitor the concentrations of the two ʺindicatorʺ  bacteria, E. coli and enterococci.10    VGP § 2.2.3.5.1.1.2, at 30, § 2.2.3.5.1.1.4, at 31‐32.    
The first requirement is known as functionality monitoring.  Under 
this requirement, a ballast water treatment program is considered to be in 
compliance if it is ʺoperating according to the manufacturersʹ requirements.ʺ  
App. at 96. 
The second requirement is known as effluent biological organism 
monitoring.  Under this requirement, vessels must collect small‐volume samples 
and analyze them for concentrations of two indicator pathogens.  This is 
required between one and four times a year depending on the treatment system.   
ii) Monitoring and Reporting Requirements for WQBELs  The only monitoring required for WQBELs is that ships report the 
ʺexpected date, location, volume, and salinity of any ballast water to be 
                                               10    EPA established effluent limits for Vibrio cholerae, but did not require  monitoring in this respect because the ʺmonitoring of this parameter would generally  not result in the detection of the presence of this pathogen.ʺ  App. at 99.  The 2013 VGP  also contains a third requirement that vessels with treatment systems that add or  generate biocides, such as chlorine or ozone, to kill organisms must monitor ballast  water discharges for residual biocides.  Id. at 103.  This requirement does not implicate  TBELs. 
 
‐23‐ 
discharged.ʺ  VGP § 4.3, at 72 (emphasis added).  Permittees are not required to 
report actual locations, volumes, or composition of ballast water to be 
discharged. 
d. Lakers 
The 2013 VGP requires all Lakers to comply with non‐numeric 
technology‐based control measures, like ballast water exchange and other BMPs 
found in VGP § 2.2.3.3.  App. at 85; see VGP § 2.2.3.3, at 27‐28.  Lakers are also 
subject to three ballast water management measures found in VGP § 2.2.3.4: (1) 
conducting an annual assessment of sediment accumulations; (2) minimizing the 
amount of water taken in nearshore environments; and (3) adequately 
maintaining sea chest screens, which keep larger organisms like fish out of 
ballast tanks.  VGP § 2.2.3.4, at 28‐29.  In addition, all Lakers built on or after 
January 1, 2009, must comply with VGP § 2.2.3.5, which sets numeric ballast 
water discharge limits.  VGP § 2.2.3.5.3.3, at 39.    
DISCUSSION 
A. Standard of Review 
We review a NPDES permit under the Administrative Procedure 
Act to determine whether EPAʹs actions were ʺarbitrary, capricious, an abuse of 
 
‐24‐ 
discretion, or otherwise not in accordance with law.ʺ  5 U.S.C. § 706(2)(A).  To 
determine whether the agencyʹs actions were ʺarbitrary and capricious,ʺ we 
consider whether the agency  
ʹrelied on factors which Congress has not intended it to  consider, entirely failed to consider an important aspect  of the problem, offered an explanation for its decision  that runs counter to the evidence before the agency, or  is so implausible that it could not be ascribed to a  difference in view or the product of agency expertise.ʹ  Islander E. Pipeline Co. v. McCarthy, 525 F.3d 141, 150‐51 (2d Cir. 2008) (quoting 
Motor Vehicle Mfrs. Assʹn. v. State Farm Mut. Ins. Co., 463 U.S. 29, 43 (1983)).  We 
must be ʺsatisfied from the record that ʹthe agency . . . examine[d] the relevant 
data and articulate[d] a satisfactory explanation for its action.ʹʺ  Id. at 151 
(quoting State Farm, 463 U.S. at 43).  An agencyʹs action is lawful ʺonly if it rests 
ʹon a consideration of the relevant factors.ʹʺ  Michigan v. EPA, 135 S. Ct. 2699, 2706 
(2015) (quoting State Farm, 463 U.S. at 43).  We afford the agencyʹs decision 
greater deference regarding factual questions involving scientific matters in its 
area of technical expertise.  See Balt. Gas & Elec. Co. v. NRDC, 462 U.S. 87, 103 
(1983); Envtl. Def. v. EPA, 369 F.3d 193, 204 (2d Cir. 2004). 
In addition, judicial review of statutory interpretation by an agency 
is governed by Chevron U.S.A. Inc. v. NRDC, 467 U.S. 837, 842‐45 (1984).  Under 
 
‐25‐ 
Chevron, we must first determine ʺwhether Congress has directly spoken to the 
precise question at issueʺ in the CWA.  Id. at 842.  If so, we must give effect to the 
unambiguously expressed intent of Congress.  Id. at 842‐43.  ʺ[I]f the statute is 
silent or ambiguous with respect to the specific issue, the question for the court is 
whether the agencyʹs answer is based on a permissible construction of the 
statute.ʺ  Id. at 843.  As the Supreme Court held in Michigan v. EPA, ʺ[e]ven under 
this deferential standard, however, ʹagencies must operate within the bounds of 
reasonable interpretation.ʹʺ  135 S. Ct. at 2707 (quoting Util. Air Regulatory Grp. v. 
EPA, 134 S. Ct. 2427, 2442 (2014)).  We also grant deference to EPAʹs 
interpretation of its own regulations ʺunless that interpretation is ʹplainly 
erroneous or inconsistent with the regulation.ʺ  Chase Bank USA, N.A. v. McCoy, 
131 S. Ct. 871, 880 (2011) (quoting Auer v. Robbins, 519 U.S. 452, 461 (1997)). 
B. Petitionersʹ Challenge   
Here, petitioners challenge EPAʹs issuance of the 2013 VGP as 
arbitrary and capricious, and not in accordance with law, on a number of 
grounds.   
First, petitioners argue that the TBELs are arbitrary and capricious.  
Specifically, petitioners assert that EPA acted arbitrarily and capriciously and not 
 
‐26‐ 
in accordance with the law when it: (1) selected the IMO standard as the 
standard for the TBELs; (2) failed to consider onshore treatment, limiting 
consideration to shipboard treatment; (3) failed to include numeric TBELs for 
viruses and protists; and (4) exempted Lakers built before 2009 (ʺpre‐2009 
Lakersʺ) from the numeric TBELs of the 2013 VGP.   
Second, petitioners argue that EPA acted arbitrarily and capriciously  
and not in accordance with the law in choosing narrative WQBELs, rather than 
numeric WQBELs, because, among other things, the narrative standard is too 
imprecise to guarantee compliance with water quality standards.   
Finally, petitioners argue that EPAʹs monitoring and reporting 
requirements for TBELs and WQBELs are not in accordance with the law because 
they were inadequate to guarantee compliance.  
1. TBELs  Under the CWA, EPA must apply BAT in establishing pollution 
controls for ballast water discharge.  BAT requires the ʺapplication of the best 
available technology economically achievable for such category or class, which will 
result in reasonable further progress toward the national goal of eliminating the 
discharge of all pollutants.ʺ  33 U.S.C. § 1311(b)(2)(A)(emphasis added).  BAT 
also requires ʺa commitment of the maximum resources economically possible to 
 
‐27‐ 
the ultimate goal of eliminating all polluting discharges.ʺ  EPA v. Natʹl Crushed 
Stone Assʹn, 449 U.S. 64, 74 (1980). 
We hold that in failing to set TBELs that reflected BAT in the 2013 
VGP, EPA acted arbitrarily and capriciously in a number of respects.  
a. The IMO Standard  Petitioners argue that EPA failed to apply BAT when it chose the 
IMO Standard for TBELs in the 2013 VGP.  They allege that EPA chose the IMO 
Standard first, and then worked ʺbackwardsʺ to determine which systems could 
achieve that standard.  NWEA Br. at 36.  In doing so, they contend, EPA 
improperly restricted the SABʹs inquiry to whether certain technologies would 
meet what petitioners describe as ʺexisting international consensus standards.ʺ  
Id.  According to petitioners, EPA should have first considered what ʺavailableʺ 
technology was capable of achieving, and then created standards based on that 
capability.  As a result, petitioners contend, EPAʹs standard did not achieve 
greater reductions in pollution discharges that were achievable with current 
technology.  
We agree.  EPA acted arbitrarily and capriciously when it chose the 
IMO Standard without adequately explaining why standards higher than the 
IMO Standard should not be used given available technology. 
 
‐28‐ 
In choosing the IMO Standard, EPA overlooked crucial portions of 
the SAB Report.  The SAB identified a number of technologies that can achieve 
standards higher than IMO for one or more organism sizes, including all five of 
the technologies identified as also meeting the IMO Standard.11  The SAB 
acknowledged that ʺthese same five systems have the potential to meet a 10x 
IMO D‐2/ Phase 1 standard [i.e., the IMO Standard] in the near future.ʺ  App. at 
636.  In describing the performance of those systems, the SAB concluded that 
each would require only ʺreasonable/feasible modifications.ʺ  Id. at 629‐30,632.  
Indeed, according to the SAB Report, the Ecochlor, BalPure, and PeraClean 
systems can meet 100 times IMO for medium organisms, and Ecochlor can meet 
10 times IMO for large organisms.   
EPA should not have adhered to the IMO Standard without 
explanation when technologies could have exceeded IMO.  Indeed, seeking to 
find systems that are capable of doing better than the current standard is in 
keeping with the technology‐forcing aspect of the CWA.  See NRDC, 822 F.2d at 
                                               11   The record further demonstrates that existing shipboard technology can  meet a standard between IMO and 10 times IMO.  For instance, Hyde Marine Guardian  has tested at 1.4 times IMO for large organisms; Optimarin has tested at 7.7 times IMO  for large organisms; and Alfa Laval/AlfaWall PureBallast has tested at 4.5 times IMO for  large organisms, and at 3.7 times IMO for medium organisms.   
 
‐29‐ 
124.  EPA should have first looked at the available ballast water technologies as 
identified by the SAB Report.  Then, finding that those technologies could exceed 
the IMO Standard, EPA should have adjusted its standard accordingly, or 
explained why it would not.  See Islander E. Pipeline, 525 F.3d at 151 (holding that 
agency must ʺexamine[] the relevant data and articulate[] a satisfactory 
explanation for its actionʺ (quoting State Farm, 463 U.S. at 43)(alterations 
omitted)).  
EPAʹs counterargument that no more was necessary because it did 
not limit the SAB to considering the IMO Standard is unavailing.  EPA insists 
that it gave the SAB a list of potential regulatory limits, and then asked the SAB 
to identify the systems that could reliably meet those limits.  In support, EPA 
points to its Charge Question 1 to the SAB, which asked the SAB to identify 
ʺdischarge standards that the available data [about existing systems] credibly 
demonstrate can be reliably achieved.ʺ  App. at 607.  EPA argues that in response 
to this charge, the SAB Report supports the conclusion that, ʺ[b]ased upon the 
data available, no current ballast water treatment technologies were considered 
likely to meet standards more stringent than the IMO D‐2/Phase Iʺ standards.  Id. 
at 91.  
 
‐30‐ 
While it is true that EPA did not strictly limit the SABʹs 
consideration to the IMO Standard, EPA is incorrect in suggesting that the SAB 
Report supports the conclusion that no system could meet standards stricter than 
the IMO Standard.  Id.12  To the contrary, the record contradicts EPAʹs assertion 
that treatment systems that exceed the IMO Standard are not ʺavailable.ʺ  In fact, 
as noted above, systems that exceed the IMO Standard are available 
Accordingly, by failing to consider adequately a standard more 
stringent than IMO, EPA failed to set permit limits that reflect BAT.  See 33 U.S.C. 
§ 1314(b)(2); Natʹl Crushed Stone, 449 U.S. at 74 (BAT requires ʺa commitment of 
the maximum resources economically possible to the ultimate goal of eliminating 
all pollution dischargesʺ); FMC Corp. v. Train, 539 F.2d 973, 983‐84 (4th Cir. 1976) 
                                               12   The SAB actually stated that it could not reliably test for standards 100 or  1000 times more stringent than the IMO Standard:   The Panel also concludes that the [IMO Standard] . . . [is]  currently measurable, based on data from land‐based and  shipboard testing.  However, current methods (and  associated detection limits) prevent testing of BWMS to any  standard more stringent than [the IMO Standard] and make  it impracticable for verifying a standard 100 or 1000 times  more stringent.    Id. at 601.  While we agree that we must defer to EPAʹs conclusions regarding the  technical feasibility of testing for standards 100 or 1000 times more stringent than the  IMO Standard, there is nothing in the record to suggest that it would not be possible to  test for twice or even ten times the IMO Standard. 
 
‐31‐ 
(upholding EPAʹs decision to set BAT based on data from a single pilot plant).  In 
doing so, EPA acted arbitrarily and capriciously and not in accordance with law 
in choosing the IMO standard for the TBELs in the 2013 VGP.   
b. Onshore Ballast Water Treatment   Petitioners also argue that EPA arbitrarily and capriciously limited 
its consideration to shipboard treatments, failing to consider onshore treatment.  
Petitioners argue that onshore facilities used in other industries, such as sewage 
treatment plants and drinking water treatment plants, were reasonable 
alternatives to shipboard treatment that should have been considered.  EPA 
concedes it directed the Board to ʺfocus its limited time and resources on the 
status of shipboard treatment systems because such systems were either ʹin 
existence or in the development process.ʹʺ  EPA Br. at 56‐57 (quoting SAB 
Report).  It argues that onshore treatment was not ʺavailable,ʺ primarily because 
no onshore system was yet in existence.    
While it is true that no onshore systems existed then ‐‐ unsurprising 
considering ballast water treatment was not required at all until the effective date 
of the 2008 VGP – the record suggests that such onshore systems were 
technologically possible at that time.  Yet, EPA chose to curtail discussion about 
onshore systems and failed to develop information necessary to evaluate their 
 
‐32‐ 
availability.  We conclude that by failing to consider onshore ballast water 
systems, EPA acted arbitrarily and capriciously.   
What does ʺavailableʺ mean?  As courts have interpreted the term in 
the CWA context, technologies that could be used for a particular discharge, 
even if they are not currently being used by that industry, are ʺavailable.ʺ  As 
the Fourth Circuit noted,   
The model technology [under consideration] may exist  at a plant not within the . . . industry [at issue].   Congress contemplated that EPA might use technology  from other industries to establish the Best Available  Technology.  Progress would be slowed if EPA were  invariably limited to treatment schemes already in force  at the plants which are the subject of the rulemaking.   Congress envisioned the scanning of broader horizons  and asked EPA to survey related industries and current  research to find technologies which might be used to  decrease the discharge of pollutants.  Kennecott, 780 F.2d at 453 (emphasis added) (citation omitted).  This Court held 
similarly in Hooker Chemicals & Plastics Corp. v. Train,  
That no plant in a given industry has adopted a  pollution control device which could be installed does  not mean that that device is not ʺavailable.ʺ  Congress  did not intend to permit continuance of pollution by  industries which have failed to cope with and attempt  to solve the problem of polluted water. 
 
‐33‐ 
537 F.2d 620, 636 (2d Cir. 1976); see also Cal. & Hawaiian Sugar Co. v. EPA, 553 F.2d 
280, 286 (2d Cir. 1977) (technology used ʺʹin other industries with similar raw 
waste characteristicsʹʺ was ʺavailableʺ (quoting Liquid and Crystalline Cane Sugar 
Refining Subcategory, 39 Fed. Reg. 10,522, 10,522 (1974))); Am. Petrol. Inst. v. EPA, 
858 F.2d 261, 264‐65 (5th Cir. 1988) (holding that a process can be ʺdeemed 
ʹavailableʹ even if it is not in use at allʺ because ʺ[s]uch an outcome is consistent 
with Congressʹ intent to ʹpush pollution control technologyʹʺ (quoting Assʹn of 
Pac. Fisheries v. EPA, 615 F.2d 794, 816 (9th Cir. 1980); Weyerhaeuser Co. v. Costle, 
590 F.2d 1011, 1061 (D.C. Cir. 1978))).   
For a technology in one industry to be ʺavailableʺ in a second 
industry: (1) the transfer technology must be available within the first industry; 
(2) the transfer technology must be transferable to the second industry; and (3) it 
must be reasonably predictable that the technology, if used in the second 
industry, will be capable of removing the increment required by the effluent 
standards.  See Kennecott, 780 F.2d at 453 (citing Tannersʹ Council, 540 F.2d at 
1192); CPC Intʹl Inc. v. Train, 515 F.2d 1032, 1048 (8th Cir. 1975); Hooker Chems., 
537 F.2d at 636 (ʺBut even if technology which is not presently in use can be 
treated as available and achievable, there must be some indication in the 
 
‐34‐ 
administrative record of the reasons for concluding that such technology is 
feasible and may reasonably be expected to yield the effluent reduction 
mandated when applied to the particular industry.ʺ).  For example, in Kennecott, 
the Fourth Circuit upheld EPAʹs use of manufacturing technology from one 
industry as part of a BAT determination for treating wastewater in a different 
industry.  780 F.2d at 453‐54.   
Here, we cannot evaluate whether onshore technology should be 
considered ʺavailableʺ because the record does not contain a full discussion of 
onshore treatment.  This lack of information about onshore facilities, however, is 
a problem of EPAʹs own making because EPA went to great lengths to foreclose 
discussion of onshore treatment both by expressly limiting the SABʹs mandate to 
studying shipboard treatment technology and consistently opposing any attempt 
by the SAB to consider onshore treatment.    
EPAʹs effort to curtail discussion of onshore treatment is well 
documented in the record.  In a letter dated February 10, 2012, thirteen scientists, 
eight of whom were members of the SAB and six of whom were members of the 
NAS Committee,13 including the Chair of the NAS Committee, stated that the 
                                               13  One person was a member of both the SAB and the NAS Committee.    
 
‐35‐ 
SAB ʺnever actually addressed the question of what is the best treatment that 
available technology can achieveʺ because EPA limited them to the narrower 
question of ʺwhether shipboard treatment systems could meet certain specific sets of 
standards.ʺ  App. at 740.  Furthermore, the scientists assert that their attempts to 
consider onshore treatments were actively thwarted by EPA: 
During the SAB Panel meetings and discussions, some  members of the Panel attempted to develop and include  in the Panel report a more detailed assessment of  onshore treatment, including its cost impacts, and an  assessment of the full capability of shipboard treatment  . . . .  [T]hese assessments would have further  demonstrated that available technology can achieve  levels of treatment beyond what the EPA has proposed  as controls.  The EPA Office of Water, however,  consistently opposed including such information in the  report.  As a result, some relevant information and  analysis that could have been developed by the Panel  was not, and some of what was developed by Panel  members was excluded or deleted from the final report.  If  there was less information developed on these issues and less  provided in the report than the EPA considers sufficient, it is  in large part because the EPA Office of Water opposed the  development and inclusion of such information.    Id. at 744 (emphases added).   
In light of these facts, we cannot well credit EPAʹs assertion that it 
lacked information to support a finding that onshore facilities were ʺavailable.ʺ  
While EPA states that it was ʺunaware of any onshore treatment facility currently 
 
‐36‐ 
available in the U.S. that is capable of meeting the VGPʹs § 2.2.3.5 ballast water 
discharge standards,ʺ and that it did not ʺreceive information indicating they are 
or would become available over the term of the VGP,ʺ id. at 544, in fact EPA 
turned a blind eye to significant information about onshore treatment.   
Indeed, the lack of information about the ʺavailabilityʺ of onshore 
treatment is due in large part to EPAʹs arbitrary and capricious decision to 
oppose developing such information.  As a result, the TBELs were based on an 
incomplete record ‐‐ one lacking meaningful discussion of an ʺavailableʺ 
treatment, namely onshore treatment.  See Humana of Aurora, Inc. v. Heckler, 753 
F.2d 1579, 1583 (10th Cir. 1985) (agency action is arbitrary and capricious when 
based on a flawed study); Tex. Oil & Gas Assʹn v. EPA, 161 F.3d 923, 935 (5th Cir. 
1998) (ʺA regulation cannot stand if it is based on a flawed, inaccurate, or 
misapplied study.ʺ); Almay, Inc. v. Califano, 569 F.2d 674, 682 (D.C. Cir. 1977) 
(rejecting regulation produced ʺon the basis of the flawed surveyʺ).  Put another 
way, EPAʹs refusal to consider onshore treatment ʺentirely fail[s] to consider an 
important aspect of the problemʺ and ʺoffer[s] an explanation for its decision that 
runs counter to the evidence before the agency.ʺ  Islander E. Pipeline, 525 F.3d at 
150‐51; see Tannersʹ Council, 540 F.2d at 1191 (ʺ[T]he agency must fully explicate 
 
‐37‐ 
its course of inquiry, its analysis, and its reasoning.ʺ); see also State Farm, 463 U.S. 
at 43; Hooker Chems., 537 F.2d at 636.  Hence, it is arbitrary and capricious.   
In fact, the SAB Report points out a number of reasonably 
predictable advantages to onshore treatment.  The SAB Report states: 
Use of reception facilities for the treatment of ballast  water appears to be technically feasible (given  generations of successful water treatment and sewage  treatment technologies), and is likely to be more reliable  and more readily adaptable than shipboard treatment.  App. at 605; see also id. at 694.  The SAB Report also notes that onshore treatment 
has a number of advantages over shipboard treatment because onshore facilities 
are not subject to problems such as limited space, small and overburdened crews, 
vibrations, weight allowances, limited power, ship instability, and greater 
corrosion rates.  Id. at 678‐80.  Regarding ship crews in particular, studies have 
shown that ʺmany of these crews are already overburdened,ʺ ʺ[o]peration by 
trained, dedicated personnel in reception facilities would likely result in more 
reliable performance,ʺ and ʺ[m]aintenance and repair work are more likely to be 
done reliablyʺ as well.  Id. at 681.  Onshore treatment can also be more effective 
by using superior technologies that are not available for shipboard treatment, 
such as settling tanks, granular filtration, and membrane filtration.  Id. at 680‐81.  
Indeed, EPA cites a number of studies that conclude that onshore treatment 
 
‐38‐ 
facilities are a technically feasible option.  Id. at 107.  These studies date back to 
1992, and proceed with some regularity thereafter‐‐ 1996, 1999, 2000, 2002, 2007, 
2008.   
Moreover, onshore treatment would not necessarily be slower than 
shipboard treatment to implement.  The SAB estimated that onshore 
implementation would take up to thirty months, while EPA allowed eight years 
to phase‐in shipboard implementation.  See id. at 684.  Nor would onshore 
treatment necessarily be more expensive than shipboard treatment.  Regional 
economic studies suggest that ʺtreating ballast water in reception facilities would 
be at least as economically feasible as shipboard treatment.ʺ  Id. at 694.  In 
addition, the cost of monitoring and enforcement is likely to be lower with a 
smaller number of reception facilities compared with a larger number of 
shipboard systems.  Id. at 605, 694.  The Coast Guard also found that onshore 
treatment was generally less expensive per metric ton of ballast water than 
shipboard treatment.  Id. at 679.     
Of course, onshore treatment has many costs, including the cost of 
retrofitting vessels for onshore facilities, particularly ships from outside the 
United States, and the cost of shipping delays created by the time it takes to 
 
‐39‐ 
discharge ballast onshore (though presumably shipboard treatment is not 
instantaneous).  Costs alone, however, cannot determine BAT.  See 33 U.S.C. 
§ 1314(b)(2)(B).  Furthermore, EPA failed to perform the economic analysis 
required to determine relative costs of the differing technologies in reaching its 
conclusion that onshore treatment was not economically achievable.  See 
Waterkeeper All., 399 F.3d at 516 (ʺ[T]he Administrator is obligated to ʹinquire into 
the initial and annual costs of applying the technology and make an affirmative 
determination that those costs can be reasonably borne by the industry.ʹʺ 
(quoting Riverkeeper, Inc. v. EPA, 358 F.3d 174, 195 (2d Cir. 2004))); Natʹl Wildlife 
Fedʹn v. EPA, 286 F.3d 554, 563 (D.C. Cir. 2002) (ʺAlthough its analysis may be 
general, EPA ʹhas the heaviest of obligations to explain and expose every step of 
its [cost‐benefit] reasoning.ʹ . . . This duty to explain arises out of the need for 
reviewing courts to be able to discern the basis for EPAʹs decision.ʺ (internal 
citations omitted) (quoting Am. Lung Assʹn v. EPA, 134 F.3d 388, 392 (D.C. Cir. 
1998))). 
In light of these observations, the SAB and NAS Committee 
scientists concluded that ʺEPA should conduct a comprehensive analysis 
comparing biological effectiveness, cost, logistics, operations, and safety 
 
‐40‐ 
associated with both shipboard [treatment] and reception facilities.ʺ  App. at 606.  
If that analysis ʺindicate[d] that treatment at reception facilities is both 
economically and logistically feasible and is more effective than shipboard 
treatment systems, it should be used as the basis for assessing the ability of 
available technologies to . . . meet a given discharge standard.ʺ  Id.  EPA chose 
not to do so because the SAB ʺdid not specify a timetable for that complex 
endeavor or suggest that is was possible to complete such an analysis in time to 
inform the impending VGP.ʺ  EPA Br. at 58‐59.  We do not find that answer 
compelling.  There is no impediment to engaging in further study, and further 
study may advance the goals of the CWA.   
Thus, EPA could have well found that onshore treatment was 
ʺavailable.ʺ  Indeed, EPAʹs failure to consider onshore treatment is inconsistent 
with the CWAʹs mandate that TBELs be technology‐forcing.  Congress designed 
the CWA to force agencies and permittees to adopt technologies that achieve the 
greatest reductions in pollutants.  See NRDC, 822 F.2d at 124 (holding that CWA 
seeks ʺnot only to stimulate but to press development of new, more efficient and 
effective technologies,ʺ which is the ʺessential purpose of this series of 
progressively more demanding technology‐based standardsʺ).  As Judge Starr 
 
‐41‐ 
noted in NRDC, ʺthe most salient characteristic of this statutory scheme, 
articulated time and again by its architects and embedded in the statutory 
language, is that it is technology‐forcing.ʺ  Id. at 123. 
EPAʹs decision on this issue matters.  As the SAB scientists pointed 
out, EPAʹs choice of system in this permit will have a long‐term impact: 
[S]hipboard treatment and onshore treatment represent  distinct approaches to ballast water management that  would each require different large investments in  infrastructure. . . .  Thus we are almost certain to be stuck  for a very long time with whichever approach is used as the  BAT in setting discharge standards in 2013.  It is thus of  the utmost urgency that a fair and thorough comparison  of the two approaches be made at this time.  App. at 744‐45 (emphasis added).  We conclude that EPA failed to give fair and 
thorough consideration to both onshore and shipboard treatment systems in 
setting the standard in the 2013 VGP, and we remand to EPA to give full 
consideration to the issue now. 
c. Viruses and Protists  Petitioners also complain about the lack of numeric TBELs for 
viruses and protists (primarily single‐celled organisms).  EPA argues, however, 
that it could not set TBELs for viruses and protists in the 2013 VGP because EPA 
could not yet identify ʺsuitable standardized test organisms and/or surrogate 
 
‐42‐ 
parameters to determine treatment system performance at removing or 
eliminating viruses and protists and which also can be used in establishing 
technology‐based discharge limitations.ʺ  App. at 486; see also App. at 495 (ʺEPA 
does not believe that there are sufficient data available to establish numeric limits 
for protists or other bacteria.ʺ). 
We agree that it was not arbitrary and capricious for EPA to decline 
to set TBELs for organisms for which it is unable to test and for which it has 
insufficient data to set numeric limits.  See Balt. Gas & Elec. Co. v. NRDC, Inc., 462 
U.S. 87, 103 (1983) (ʺ[A] reviewing court must remember that [where the agency] 
is making predictions, within its area of special expertise, at the frontiers of 
science . . . as opposed to simple findings of fact, a reviewing court must 
generally be at its most deferential.ʺ).  Petitioners have not demonstrated that 
sufficient data are available.  EPA has represented that it will consider including 
numeric TBELs for viruses and protists in the next version of the VGP.  App. at 
486.  This is sufficient. 
d. Pre‐2009 Lakers   Petitioners allege that EPAʹs decision to exempt Lakers built before 
January 1, 2009 from numeric effluent limits of VGP § 2.2.3.5 was arbitrary and 
capricious.  EPA based this decision on its finding that there was no treatment 
 
‐43‐ 
technology ʺavailableʺ for these vessels either onboard or onshore.  App. at 115
16.  EPA expressed concern about the difficulty of finding effective onboard 
systems for pre‐2009 Lakers due to their ʺunique operational and design 
constraints,ʺ such as the large volumes of fresh cold water they require, the short 
duration of their trips, their high pumping rates, and their uncoated ballast 
tanks.  Id. at 116.14  In reaching that conclusion, EPA relied on the SAB Report, 
which advised that ʺspecific constraints can greatly limit treatment optionsʺ for 
Lakers.  Id. at 638.  EPA also cited the costs of implementing these systems.  Id. at 
116.  
We agree with petitioners that exempting the pre‐2009 Lakers was 
arbitrary and capricious.  First, the lack of supply of updated shipboard systems 
is not a legitimate reason to exempt pre‐2009 Lakers from the 2013 VGP, as, 
again, the purpose of BAT is to force technology to keep pace with need.  See 
NRDC, 822 F.2d at 124.   
Second, EPAʹs decision was based on a flawed record that failed to 
consider an important aspect of the problem, namely the possibility of onshore 
                                               14   For example, certain treatment methods, such as electro‐chlorination and  ozonation, may only be effective in salt water, and others that use oxidizing chemicals  may increase corrosion rates in uncoated tanks.  Id. at 638.   
 
‐44‐ 
treatment.  See Islander E. Pipeline, 525 F.3d at 150‐51.  EPA should have 
considered the comparable ʹcost of achieving such effluent reductionsʹ through 
onshore treatment versus shipboard treatment, rather than merely dismissing 
onshore treatment.  EPA disregarded the SABʹs recommendation that onshore 
treatment would benefit pre‐2009 Lakers that are ʺengaged solely in regional 
trade.ʺ  Id. at 684.  The SAB points out that the space and power constraints 
posed by pre‐2009 Lakers are ʺlargely absent in reception facilities.ʺ  Id. at 680.  
EPAʹs foreclosure of considering onshore treatments for pre‐2009 Lakers ‐‐ and 
indeed, all Lakers ‐‐ seems shortsighted.  See supra at 31‐42.    
Third, EPA imposed the 2013 VGP on Lakers built after 2009, even 
though post‐2009 Lakers face many of the same challenges and constraints as 
pre‐2009 Lakers, such as their short voyages, high pumping rates, and freshwater 
environment. 15  While it is true that shipbuilders were on notice that post‐2009 
                                               15   Intervenors argue that due to these constraints, ballast water treatment is  infeasible for all Lakers, regardless of when they were built.  EPA has concluded,  however, that anyone building a ship designed to enter the market after 2009 was well  aware of the impending VGP requirements, and could anticipate its impact on  shipbuilding.  App. at 117.  Intervenors also contend that ships exclusively plying the  Great Lakes do not pose a threat to water quality because they do not introduce any  invasive species from outside the Great Lakes.  EPA has properly rejected this  argument, noting that Lakers can spread or more rapidly distribute invasive species  already present in the Great Lakes.  Id. at 501. 
 
‐45‐ 
Lakers would be subject to the 2013 VGP, in reality post‐2009 boats appear to be 
similarly situated to pre‐2009 Lakers.  See Islander E. Pipeline, 525 F.3d at 150‐51 
(agency decision is arbitrary and capricious when agency offers explanation for 
decision that runs counter to evidence before agency).  Thus, distinguishing pre
2009 and post‐2009 Lakers was arbitrary and capricious. 
The SAB Report supports our conclusion.  Although the SAB Report 
acknowledged the limitations in treating ballast water from Lakers, it did not 
declare such treatment impossible.  Instead, the SAB concluded that in light of 
these limitations, ʺ[a] variety of environmental (e.g., temperature and salinity), 
operational (e.g., ballasting flow rates and holding times), and vessel design (e.g., 
ballast volume and unmanned barges) parametersʺ should be considered in 
determining the treatment standards.  App. at 639.   
EPAʹs exemption of the pre‐2009 Lakers from the 2013 VGP was also 
arbitrary and capricious due to EPAʹs failure to conduct an appropriate and 
factually‐supported cost analysis.  Such an analysis might have shown that the 
cost of subjecting pre‐2009 Lakers to the 2013 VGP was not unreasonably high, 
or, alternatively, that onshore treatment was economically feasible.  For all these 
 
‐46‐ 
reasons, EPAʹs decision to exempt pre‐2009 Lakers from the 2013 VGP was 
arbitrary and capricious. 
2. WQBELs 
Under the CWA, NPDES permits must include WQBELs where the 
TBELs are insufficient to maintain water quality standards.  33 U.S.C. 
§ 1311(b)(1)(C); 40 C.F.R. § 122.44(d)(1)(vii)(A).  Here, EPA concluded that ʺeven 
at the IMO level of discharge, reasonable potential exists for such discharges to 
cause or contribute to violations of applicable water quality standards pursuant 
to 40 C.F.R. § 122.44(d)(1)(ii).ʺ  App. at 129.  To address this concern, EPA 
established WQBELs to ensure compliance with water quality standards.  EPA, 
however, chose to create narrative WQBELs because it believed numeric 
WQBELs were ʺinfeasibleʺ to calculate.16    
                                               16   Federal regulation permits such limits to be expressed narratively if the  calculation of numeric limits is ʺinfeasible.ʺ  40 C.F.R. § 122.44(k)(3).   
 
‐47‐ 
The WQBEL in the 2013 VGP states:   Your discharge must be controlled as necessary to meet  applicable water quality standards in the receiving  water body or another water body impacted by your  discharges.  VGP § 2.3.1, at 59.  In defending this standard, EPA relied in part on the NAS 
Report, which stated that ʺ[t]he current state of science does not allow a 
quantitative evaluation of the relative merits of various discharge standards in 
terms of invasion probability.ʺ  App. at 363.   
Petitioners argue that this narrative WQBEL does not ensure 
compliance with water quality standards.  We agree.  This narrative standard is 
insufficient to give a shipowner guidance as to what is expected or to allow any 
permitting authority to determine whether a shipowner is violating water quality 
standards.  By requiring shipowners to control discharges ʺas necessary to meet 
applicable water quality standardsʺ without giving specific guidance on the 
discharge limits, EPA fails to fulfill its duty to ʺregulat[e] in fact, not only in 
principle.ʺ  Waterkeeper All., 399 F.3d at 498.  As this Circuit held in Waterkeeper 
Alliance, NPDES permits ʺmay issue only where such permits ensure that every 
discharge of pollutants will comply with all applicable effluent limitations and 
standards.ʺ  Id.  That is hardly the case here.  EPA itself notes that it only 
 
‐48‐ 
ʺgenerally expects that compliance with the [TBELs] . . . will control discharges as 
necessary to meet applicable water quality standards.ʺ  VGP § 2.3.1, at 59.  The 
WQBELs, although found by EPA to be required to supplement the TBELs, in fact 
add nothing.  The WQBELs do not state how they will ensure compliance.   
Even if determining the proper standard is difficult, EPA cannot 
simply give up and refuse to issue more specific guidelines.  See Am. Paper Inst., 
Inc. v. EPA, 996 F.2d 346, 350 (D.C. Cir. 1993) (articulating that, even if creating 
permit limits is difficult, permit writers cannot just ʺthr[o]w up their hands and, 
contrary to the Act, simply ignore[] water quality standards including narrative 
criteria altogether when deciding upon permit limitationsʺ).  Scientific 
uncertainty does not allow EPA to avoid responsibility for regulating discharges.  
See Massachusetts v. EPA, 549 U.S. 497, 534 (2007) (ʺEPA [cannot] avoid its 
statutory obligation by noting the uncertainty surrounding various features of 
climate change and concluding that it would therefore be better not to regulate at 
this time.ʺ).   
Moreover, EPAʹs reliance on the NAS Report is misplaced.  EPA 
concedes that the NAS Committee ʺdid not conclude that it is infeasible to 
calculate water quality‐based effluent limits for ballast water discharges.ʺ  App. 
 
‐49‐ 
at 563.  Rather, the NAS Committee found that it could not formulate a precise 
standard.  In light of this uncertainty, it recommended further study of the issue.  
But EPA declined to engage in further study.  See App. at 363‐67.  For all these 
reasons, EPAʹs WQBELs were arbitrary and capricious. 
EPAʹs remaining counterarguments are unavailing.  First, EPA 
asserts that petitioners fail to offer examples of ʺmeaningful permit limitsʺ for 
WQBELs.  EPA Br. at 74.  EPA, however, could articulate specific actions that 
vessels would be required to take to protect against site‐specific threats.  For 
example, if EPA or the shipowner became aware of an unusual risk posed by a 
specific port, EPA could require vessels to take action to avoid such risk at that 
port, including not uptaking ballast water or not discharging into other ports the 
contaminated ballast water that was taken up.  Toward that end, EPA has 
included a set of specific best management practices in the 2013 VGP § 2.2.3.3, 
further demonstrating the viability of this approach.   
Second, EPA argues that under 40 C.F.R. § 122.44(k)(3) it may 
employ BMPs instead of ʺ[n]umeric effluent limitationsʺ for WQBELs when 
deriving numeric limitations is ʺinfeasible.ʺ  40 C.F.R. §§ 122.44(k)(3).  BMPs 
include ʺschedules of activities, prohibitions of practices, maintenance 
 
‐50‐ 
procedures, and other management practices to prevent or reduce . . . pollution.ʺ  
Id. § 122.2.  EPA argues that the narrative WQBEL is a BMP, and therefore it has 
discharged its duty under 40 C.F.R. § 122.2.17   
But EPAʹs narrative WQBEL does not qualify as a BMP, as it is 
neither a practice nor a procedure.  BMPs typically involve requirements like 
operating procedures, treatment requirements, practices to control runoff, 
spillage or leaks, sludge or waste disposal, or drainage from raw material 
storage; they can also be structural requirements including tarpaulins, retention 
ponds, or devices such as berms to channel water away from pollutant sources, 
and treatment facilities.  See NRDC v. Sw. Marine, Inc., 236 F.3d 985, 991 n.1 (9th 
Cir. 2000).  Examples of BMPs that have been accepted as substitutes for effluent 
limits include: nutrient management plans for concentrated animal feeding 
operations, see Waterkeeper All., 399 F.3d at 497, 502, filtration of stormwater 
runoff from ditches before it enters rivers and streams (by timber companies), 
and constructing roads with surfacing that minimizes sediment in runoff (by 
                                               17   EPA also claims general prohibitions can be BMPs, citing 40 C.F.R. § 122.2,  but does not offer an example of something as general as the WQBEL standard being  found to be a BMP.  As discussed herein, the EPAʹs characterization is inconsistent with  regulations that require WQBELs to ʺensure compliance.ʺ  40 C.F.R. § 122.4(d); see Auer,  519 U.S. at 461 (holding interpretation may not be inconsistent with regulation). 
 
‐51‐ 
timber companies), see Decker v. Nw. Envtl. Def. Ctr., 133 S. Ct. 1326, 1338 (2013).  
The narrative standard here is nowhere as specific as any of these examples.  
Indeed, it requires nothing more of a shipowner than to meet the TBELs.  This 
interpretation is hardly consistent with the regulations that require WQBELS to 
ensure compliance.  See Auer, 519 U.S. at 461 (holding that courts should defer to 
agencyʹs interpretation of its own regulations if not plainly erroneous or 
inconsistent with the regulation). 
Third, EPA claims that WQBEL standards will be sufficiently 
maintained because EPA can take ʺcorrective actionsʺ after the permittee becomes 
aware of a violation.  App. at 160.  This is not reassuring.  The point of a permit is 
to prevent discharges that violate water quality standards before they happen.  See 
33 U.S.C. §§ 1311(b)(1)(C), 1342(a)(2); 40 C.F.R. §§ 122.4(d), 122.44(d)(1).  
ʺCorrective actionʺ is not an effective remedy in an invasive species context ‐‐ it is 
difficult to eradicate a colony of zebra mussels after they are established.  See, 
e.g., Great Lakes Sci. Ctr., U.S. Geological Survey, Zebra Mussels Cause Economic 
and Ecological Problems in the Great Lakes 2 (rev. 2011) (ʺOnce zebra mussels 
become established in a water body, they are impossible to eradicate with the 
technology available today.  Many chemicals kill zebra mussels, but these exotics 
 
‐52‐ 
are so tolerant and tough that everything in the water would have to be poisoned 
to destroy the mussel.ʺ); Robbins, A Western Showdown, at D6 (noting that 
officials in Western states have instituted elaborate and expensive inspection 
systems for boats because they ʺwant desperately to keep the mussels out of 
blue‐ribbon trout streams and pristine mountain lakesʺ as ʺonce established [the 
mussels] are impossible to permanently eradicateʺ).  This is all the more 
problematic because a vessel operator is not likely to know it has a discharge 
violation if, as discussed below, there are no monitoring requirements.18  
Accordingly, EPA acted arbitrarily and capriciously in issuing the 
WQBELs because they violate section 1342ʹs requirement that NPDES permits 
ensure compliance with the CWA.  Cf. Waterkeeper All., 399 F.3d at 498.   
Intervenors raise one additional argument.  Under section 401 of the 
CWA, before EPA issues a permit, the state in which the discharge is to occur 
                                               18   EPAʹs response is that petitionersʹ arguments regarding corrective action  and BMPs are waived because they were not raised by petitioners in the comments to  the permit.  See, e.g., NRDC v. EPA, 25 F.3d 1063, 1073‐74 (D.C. Cir. 1994).  Arguments  can be considered, however, even if not raised during the notice and comment period.   See NRDC v. EPA, 755 F.3d 1010, 1023 (D.C. Cir. 2014) (ʺEPA retains a duty to examine  key assumptions as part of its affirmative burden of promulgating and explaining a  nonarbitrary, non‐capricious rule and therefore EPA must justify that assumption even  if no one objects to it during the comment period.ʺ (internal quotation marks and  alteration omitted) (quoting Appalachian Power Co. v. EPA, 135 F.3d 791, 818 (D.C. Cir.  1998)). 
 
‐53‐ 
must either certify, or waive its right to certify, that the discharge will comply 
with the stateʹs water quality standards ‐‐ commonly known as a ʺ401 
Certification.ʺ  NRDC, 279 F.3d at 1183; see also 33 U.S.C. § 1341(a); 40 C.F.R. 
§ 122.4(b).  The intervenors argue that because ʺthe 401 Certifications have been 
upheld, the matter is settled: the VGP will ensure compliance with the state 
water quality standards.ʺ  Intervenorsʹ Br. at 46.  We disagree.  EPA has an 
independent duty under the CWA to ensure compliance with state and federal 
water quality standards and may impose ʺadditional permit conditions necessary 
to meet that end.ʺ  NRDC, 279 F.3d at 1188.  Such additional permit conditions 
may be necessary if state water quality standards are potentially less stringent 
than the CWAʹs,ʺ because ʺthe CWA provides a federal floor, not a ceiling, on 
environmental protection.ʺ  Dubois v. U.S. Depʹt of Agriculture, 102 F.3d 1273, 1300 
(1st Cir. 1996) (citations omitted).   
3. Monitoring and Reporting Requirements for TBELs and WQBELs  Under the CWA, NPDES permits must contain conditions that 
require both monitoring and reporting of monitoring results of TBELs and WQBELs 
to ensure compliance.  See 33 U.S.C. § 1342(a)(2); 40 C.F.R. § 122.44(i)(1)‐(2).  The 
regulations provide, in pertinent part: 
 
‐54‐ 
In addition to the conditions established  under § 122.43(a), each NPDES permit shall include  conditions meeting the following requirements when  applicable.  . . .  (i) Monitoring requirements.  In addition to § 122.48,  the following monitoring requirements:  (1) To assure compliance with permit  limitations, requirements to monitor:   (i) The mass (or other measurement  specified in the permit) for each  pollutant limited in the permit;  (ii) The volume of effluent discharged  from each outfall;  (iii) Other measurements as appropriate  including pollutants in internal  waste streams under § 122.45(i);  pollutants in intake water for net  limitations under § 122.45(f);  frequency, rate of discharge, etc., for  noncontinuous discharges under  § 122.45(e); pollutants subject to  notification requirements under  § 122.42(a); and pollutants in sewage  sludge or other monitoring as  specified in 40 CFR part 503; or as  determined to be necessary on a  case‐by‐case basis pursuant to  section 405(d)(4) of the CWA.   (iv) According to sufficiently sensitive  test procedures (i.e., methods)  approved under 40 CFR part 136 for 
 
‐55‐ 
the analysis of pollutants or pollutant  parameters or required under 40 CFR  chapter 1, subchapter N or O.   
. . .   (2) Except as provided in paragraphs (i)(4) and  (i)(5) of this section, requirements to report  monitoring results shall be established on a  case‐by‐case basis with a frequency  dependent on the nature and effect of the  discharge, but in no case less than once a  year. . . .   40 C.F.R. § 122.44(i)(1)‐(2).    Enforcing compliance with a permit is the key to an effective NPDES 
program.  See NRDC v. Cty of L.A., 725 F.3d 1194, 1208 (9th Cir. 2013) (ʺ[T]he 
NPDES program fundamentally relies on self‐monitoring,ʺ and ʺCongressʹ 
purpose in adopting this self‐monitoring mechanism was to promote 
straightforward enforcement of the Act.ʺ (internal quotations omitted)).  We now 
turn to the monitoring and reporting requirements in the 2013 VGP. 
a. Monitoring Requirements for TBELs  As previously discussed, the 2013 VGP requires vessels to monitor 
(1) the functionality of their ballast water treatment systems, if installed, and (2) 
the concentrations of the two ʺindicatorʺ bacteria (E. coli and enterococci). . VGP 
§ 2.2.3.5.1.1.2, at 30, § 2.2.3.5.1.1.4, at 31‐32.    
 
‐56‐ 
The first requirement, known as ʺfunctionality monitoring,ʺ 
determines whether a ballast water treatment program is ʺoperating according 
to the manufacturersʹ requirements.ʺ  App. at 96.  A shipowner is required to 
check a measurement that would ʺverify system functionality,ʺ such as how 
much chlorine the system is using each month.  Id. at 1168.  If the measurement 
is correct, it is assumed that the program is in compliance.  If the equipment is 
not operating properly, the ship is not permitted to discharge ballast.  The vessel 
owner is not required to take any measurement of pollutants or significant 
categories of living organisms in ballast water being discharged.  Instead, the 
shipowner relies solely on the functioning of the treatment system to determine 
if the ship is complying with the permit.  Treatment systems are inspected 
monthly.  See VGP § 2.2.3.5.1.1.2, at 30 (ʺTo assess the [systemʹs] functionality, 
monitoring indicators of the [systemʹs] functionality is required at least once per 
month for specific parameters that are applicable to your system.ʺ).   
The second provision, effluent biological organism monitoring, 
requires vessels to collect small‐volume samples from ballast discharge and 
analyze them for concentrations of two indicator pathogens, E. coli and 
enterococci.  VGP § 2.2.3.5.1.1.4, at 31‐32.  The idea is that if there are significant 
 
‐57‐ 
levels of these two pathogens in the sample, then treatment has not been 
effective.  Vessels are not required to monitor Vibrio cholera or medium or large 
organisms regulated in the 2013 VGP.  Sampling is required between one and 
four times a year, depending on the type of system.   
Petitioners present two arguments about why these requirements do 
not accord with the law.  First, petitioners argue that the 2013 VGP violates CWA 
regulations by not requiring vessels to monitor the concentration of living 
organisms.  The regulations require monitoring of mass, volume, or ʺother 
measurement specified in the permit.ʺ  40 C.F.R. § 122.44(i)(1)(i)‐(ii).  Petitioners 
contend the unit of measurement for living organisms in the 2013 VGP should be 
concentration.  Neither functionality monitoring nor testing for two indicator 
microorganisms measures concentration.  Thus, according to petitioners, the 
monitoring and reporting requirements for TBELs violate 40 C.F.R. § 122.44(i)(1).   
Second, petitioners argue that these monitoring requirements violate 
the requirement in 40 C.F.R. § 122.44(i)(1) that monitoring ʺassure[s] compliance 
with permit limitations.ʺ  Relying on functionality monitoring instead of 
requiring an actual measurement of concentrations of organisms means that 
neither EPA nor the public knows if the permittees are complying with the 
 
‐58‐ 
TBELs.  Similarly, petitioners argue that monitoring for the presence of the two 
ʺindicator bacteria,ʺ E. coli and enterococci, is not sufficient to monitor 
compliance with TBELs because it indicates only their presence in the water, not 
their quantity.  
We disagree with petitioners and conclude that EPAʹs monitoring 
requirements were not arbitrary and capricious.  The CWA regulations expressly 
allow for monitoring quantities other than mass or volume, namely some ʺother 
measurement specified in the permit[] for each pollutant limited in the permit.ʺ  
40 C.F.R. § 122.44(i)(1).  Functionality monitoring and monitoring for the 
presence of indicator organisms qualify as such ʺother measurement.ʺ 
And while there are potential alternatives, petitionersʹ urged 
alternative of direct monitoring is not required because ʺmore sophisticated 
methods for enumerating living organisms in the larger size classes are not 
currently available for use by permittees.ʺ  App. at 524.  Current technology is 
not capable of adequately monitoring ballast water as it is being discharged 
because, EPA notes, such monitoring requires analyzing large volumes of water 
and is prohibitively expensive and impractical.  According to EPA, testing 
medium and large organisms with shipboard systems can cost between $75,000 
 
‐59‐ 
and $125,000 per vessel per sampling event.  Moreover, the process would be 
impractical, involving sampling and analyzing large volumes of water in labs 
and requiring ʺdozens of hours to collect and analyze those samples.ʺ  EPA Br. at 
89.   
Given the difficult circumstances, EPAʹs monitoring requirements 
for TBELs were not arbitrary and capricious.  Cf. NRDC v. Costle, 568 F.2d 1369, 
1380 (D.C. Cir. 1977) (ʺ[W]hen numerical effluent limitations are infeasible, EPA 
may issue permits with conditions designed to reduce the level of effluent 
discharges to acceptable levels.ʺ).  In the face of the severe technological 
limitations on monitoring, it was reasonable for EPA to decline to require 
monitoring for parameters for which it is currently impractical to collect and 
analyze samples.  Functionality monitoring and biological indirect monitoring 
are the only feasible options at present to assure compliance with the permit.  
We defer to EPAʹs decision that functionality monitoring and biological 
indicator monitoring, when used in combination, offer an acceptable ʺother 
measurement.ʺ  See Auer, 519 U.S. at 461 (holding that courts should defer to 
agency’s interpretation of its own regulations if not plainly erroneous or 
inconsistent with the regulation). 
 
‐60‐ 
b. Monitoring Requirements for WQBELs 
Petitioners also argue that EPA acted arbitrarily and capriciously in 
failing to require that permittees monitor ballast water discharges to ensure 
compliance with WQBELs.  The only monitoring requirement for WQBELs is 
that ships report the ʺexpected date, location, volume, and salinity of any ballast 
water to be dischargedʺ into U.S. waters or at a reception facility.  VGP § 4.3, at 
72 (emphasis added).  There is no requirement to report actual volumes, 
locations, or composition of ballast water discharges.   
We agree that failure to include monitoring requirements for 
WQBELs was arbitrary and capricious.  The regulations require monitoring to 
ʺassure compliance with permit limitations.ʺ  40 C.F.R. § 122.44.  Generally, ʺan 
NPDES permit is unlawful if a permittee is not required to effectively monitor its 
permit compliance.ʺ  NRDC, 725 F.3d at 1207.  Here, the reporting requirement 
provided little information on the quality of the ballast water, requiring only 
information on expected date, location, volume, and salinity.  There is no way to 
derive from that information whether a vessel is actually in compliance with the 
WQBELs.  Thus, because the 2013 VGP does not contain a mechanism to evaluate 
compliance with the WQBELs, the monitoring requirements are arbitrary and 
 
‐61‐ 
capricious and not in accordance with the law.  See Waterkeeper All., 399 F.3d at 
499 (failure of permit to include any mechanism for evaluating compliance with 
required technical standards rendered agency unable to ensure compliance with 
water quality standards). 
Our conclusion is further supported by the simple, but overlooked, 
options that EPA has in structuring WQBEL monitoring requirements.  One 
possible condition EPA could consider including in the WQBELs would be to 
require shipowners to monitor the actual time, place, and volume of ballast water 
discharge, rather than the expected time, place, and volume.  Another possible 
condition would be to require shipowners to monitor for a particular pathogen 
or pollutant if it became known that such a pathogen or pollutant is a problem in 
a particular port.  Each of these options would provide more significant 
monitoring. 
EPAʹs contentions on this point are unpersuasive.  EPA argues that 
if a vessel is in compliance with the TBELs, it should be ʺgenerally expected to 
already be controlling [its] vessel discharges to a degree that is protective of 
water quality,ʺ rendering additional monitoring to demonstrate compliance with 
narrative WQBELs unnecessary.  App. at 530.  In defense of this position, EPA 
 
‐62‐ 
also argues that 40 C.F.R. § 122.44(i) does not apply because of ʺpractical 
constraints on the ability to collect and analyze the volumes of ballast water 
necessary to ʹdirectlyʹ detect and quantify such organisms at the levels of 
concern.ʺ  EPA Br. at 98.  According to EPA, it is simply ʺunrealisticʺ to have 
stricter monitoring.  
This, however, is not a valid excuse in the WQBEL context.  See 
NRDC, 859 F.2d at 208 (stating legislative history of CWA ʺstrongly supports 
[the] position that Congress did not intend to tie compliance with water quality
based limitations to the capabilities of any given level of technology,ʺ and ʺa 
water quality‐based permit limit begins with the premise that a certain level of 
water quality will be maintained, come what may, and places upon the permittee 
the responsibility for realizing that goalʺ).  It is inconsistent to say that WQBELs 
are necessary to ensure that water quality standards are met, while specific 
enforcement of such WQBELs is unnecessary.  More importantly, this lack of 
enforcement violates the CWA regulations, which mandate that no permit may 
be issued ʺ[w]hen the imposition of conditions cannot ensure compliance with 
the applicable water quality requirements of all affected States.ʺ  40 C.F.R. 
§ 122.4(d).   
 
‐63‐ 
Accordingly, EPAʹs failure to include monitoring for compliance 
with WQBELs was inconsistent with regulations and thus arbitrary and 
capricious. 
C. Remand 
Accordingly, we remand this matter to EPA for proceedings 
consistent with this opinion.  The 2013 VGP is to remain in place until EPA issues 
a new VGP.  See Idaho Farm Bureau Fedʹn v. Babbitt, 58 F.3d 1392, 1405 (9th Cir. 
1995) (holding that ʺ[o]rdinarily when a regulation is not promulgated in 
compliance with the APA, the regulation is invalid.  However, when equity 
demands, the regulation can be left in place while the agency follows the 
necessary procedures.ʺ (citation omitted)); see also Allied‐Signal, Inc. v. U.S. 
Nuclear Regulatory Comm., 988 F.2d 146, 150 (D.C. Cir. 1993) (ʺAn inadequately 
supported rule, however, need not necessarily be vacated.ʺ); Fertilizer Inst. v. 
EPA, 935 F.2d 1303, 1312 (D.C. Cir. 1991) (ʺ[W]hen equity demands, an 
unlawfully promulgated regulation can be left in place while the agency 
provides the proper procedural remedy.ʺ); W. Oil & Gas Assʹn v. EPA, 633 F.2d 
803, 813 (9th Cir. 1980) (ʺ[A] reviewing court has discretion to shape an equitable 
remedy, [and so] we leave the challenged designations in effect.ʺ). 

Outcome: For the reasons set forth above, we GRANT the petition for review 
with respect to (1) EPAʹs decision to set the TBELs at the IMO Standard,   (2) EPAʹs failure to consider onshore treatment for ballast water  discharge,   (3) EPAʹs decision to exempt pre‐2009 Lakers from the TBELS in  the 2013 VGP permit,  (4) EPAʹs narrative standard for WQBELs, and  (5) the monitoring and reporting requirements established by  EPA for WQBELs,  and REMAND for further proceedings in these respects. 
We DENY the petition for review with respect to TBELs for viruses 
and protists and the monitoring and reporting requirements established by EPA 
for TBELs.   
The 2013 VGP shall remain in place until EPA issues a new VGP. 

Plaintiff's Experts:

Defendant's Experts:

Comments: